De “Foldit”-puzzel die aan de Universiteit van Washington is ontwikkeld, heeft tot doel een vaccin tegen het coronavirus Sars-CoV-19 te helpen vinden.

Het spel werd oorspronkelijk ontworpen om potentiële genezing van ziekten zoals Alzheimer en aids te genezen. Tijdens de Covid-19 epidemie werd een coronaviruspuzzel aan het spel toegevoegd. Spelers moeten eiwitten aanmaken of wijzigen die zich kunnen binden aan een van de coronavirus spike eiwitten die dan zouden voorkomen dat het menselijke cellen infecteert en repliceert. Het spel bleek een succes in de strijd tegen HIV.

Vind een vaccin tegen het coronavirus Sars-CoV-19

Eind 2019 kwam er een nieuw virus met hoge infecties uit Wuhan, China, tevoorschijn. Dit virus behoort tot de coronavirusfamilie en is vergelijkbaar met het virus dat de SARS-epidemie in 2002 veroorzaakte. Coronavirussen vertonen een “piek”-eiwit op hun oppervlak, dat zich stevig bindt aan een receptoreiwit dat zich op het oppervlak van menselijke cellen bevindt. Zodra de coronaviruspiek zich aan de menselijke receptor bindt, kan het virus de menselijke cel infecteren en zich repliceren. In de afgelopen weken hebben onderzoekers de structuur van het 2019 coronavirus spike eiwit bepaald en hoe het zich bindt aan menselijke receptoren. Als we een eiwit kunnen ontwerpen dat zich bindt aan dit coronavirus spike eiwit, zou het gebruikt kunnen worden om de interactie met menselijke cellen te blokkeren en de infectie te stoppen!

Het spel werkt als volgt.  In deze puzzel krijgen spelers de bindingsplaats van het coronavirus spike eiwit te zien. De ruggengraat en de meeste van de zijketens zijn volledig bevroren, met uitzondering van de zijketens op de bindingsplaats, waar het spike eiwit normaal gesproken in wisselwerking staat met het menselijke receptoreiwit. Spelers kunnen een nieuw eiwit ontwerpen dat zich bindt aan deze sidechains, waardoor de interactie met de menselijke receptor wordt geblokkeerd. Om het coronavirus doelwit te binden, zullen ontwerpen veel contacten moeten leggen en H-bindingen moeten maken met het spike eiwit op deze bindingsplaats. Maar ontwerpen zullen ook veel secundaire structuur (heli’s of vellen) en een grote kern moeten hebben, zodat ze correct kunnen worden opgevouwen!

1